Lew Alex, Zebra Marty, Żyrafa Melman, Hipopotamica Gloria, Król Julian, Maurice, Pingwiny i Szympansy wyrzucone na odległy brzeg Madagaskaru snują nowy szalony plan. W obliczu niesprzyjających okoliczności losu, mieszkańcy Manhattanu uknuli plan tak szalony, że może okazać się całkiem skuteczny. Z wojskową precyzją Pingwiny dokonały naprawy starego rozbitego samolotu – tak przynajmniej może się wydawać na pierwszy rzut oka. Niedługo po starcie linii lotniczych Pingwin, z dość zaskakującą załogą na pokładzie, samolot zdołał się utrzymać w powietrzu na tyle długo, żeby przenieść naszych bohaterów do najdzikszego miejsca na ziemi – bezkresnych równin Afryki. W tym właśnie nieplanowanym ‘docelowym porcie lotniczym’ członkowie naszej wyrosłej w cieplarnianych warunkach nowojorskiego zoo załogi natrafiają po raz pierwszy na swoich dzikich współbraci…